La Z400 è dotata di un telaio a traliccio dal principio strutturale simile a quello della Ninja H2. Il motore, montato rigidamente al telaio, è usato come elemento portante. Il nuovo design dello chassis contribuisce significativamente alla riduzione del peso della moto.

La triangolazione, sella-pedane-manubrio, è stata studiata per adattarsi a piloti di diverse altezze e corporature e a varie situazioni di guida. La posizione più eretta ed il manubrio largo permettono al pilota il completo controllo del mezzo anche nella guida più sportiva.

Progettando il motore da zero, è stato possibile ottenere un layout che avesse caratteristiche ottimali, per dimensioni, peso ed efficienza con un design pulito e senza inutili fronzoli. L’ultima sfida è stata quella di abbassarne il peso pur avendo aumentato la cilindrata.

Il nuovo motore da 399cc garantisce prestazioni notevolmente superiori rispetto al modello precedente (comunque entro il limite di 35kW della patente A2). Questo risultato deriva principalmente dai nuovi condotti di aspirazione verticali che, con l’ausilio di un nuovo air-box più ampio, garantiscono una più efficiente aspirazione. L’aumento generale delle performance è seguito, inaspettatamente, da un controllo del mezzo ancora più facile ed intuitivo.

Contagiri digitale, indicatore di marcia inserita ed un schermo LCD multifunzione con tutte le informazioni necessarie al pilota.

I notevoli sforzi per minimizzare il peso, si traducono in una massa in ordine di marcia di soli 167 kg per la Z400 (3 kg in meno della Z300) - rendendola una delle bicilindriche più leggere della categoria.

L’altezza della sella (a 785mm) ed il suo design compatto consentono di appoggiare i piedi comodamente a terra durante le soste.

Con un diametro di φ310 mm, il disco anteriore semiflottate della Z400 garantisce un’efficace potenza frenante. Una nuova pompa freno anteriore più rigida aiuta ad eliminare possibili corse a vuoto della leva, mentre l’oculata scelta delle dimensioni e del materiale del tubo flessibile contribuisce alla sicura percezione della frenata. Inoltre, la Z400 è equipaggiata con l'ultima unità ABS di Nissin, la più leggera e la più compatta sul mercato.

Come le sorelle maggiori anche la Z400 segue la filosofia di design Sugomi, con forme taglienti ed aggressive ed un codino affusolato.

I nuovi fari a LED (posizione, anabbaglianti, abbaglianti) sono molto visibili e permettono una luminosità di gran lunga superiore.

Protezione serbatoio per proteggere il serbatoio dai graffi, specialmente da quelli causati dalla zip del giubbotto.

Una nuova forcella anteriore più rigida da φ41 mm assicura una migliore azione delle sospensioni. Il feeling con la ruota anteriore trasmette maggiore sicurezza.

Il nuovo scarico slip-on Akrapovic in titanio dedicato alla Ninja 400 offre grandi perfomance. La combinazione di materiali pregiati come il titanio utilizzato per il rivestimento della marmitta e la fibra di carbonio di cui è composto il fondello, conferiscono a questo sistema di scarico un tocco racing.
Conforme alle normative Euro4 (emissioni e rumorosità) e omologato EC.

Kit coprisella in tinta che accentua l'aspetto sportivo della moto, dotato di cuscinetto in gomma.

La frizione più compatta (φ139 mm >> φ125 mm) con dischi di minor spessore consente uno sforzo sulla leva più leggero del 20% e un range d'innesto più ampio, facilitandone l’utilizzo.