Come la Z1, la Z900RS è dotata di un 4 in linea di classe 948 cc, una configurazione del motore che offre intrinsecamente un ottimo equilibrio tra potenza e maneggevolezza. L'accordatura si concentra sui regimi medio-bassi. I giri si sviluppano in maniera regolare , dando al pilota un senso di connessione tra l'acceleratore e la ruota posteriore perfetto.